协会成立于2003年6月。成立之初，因多数会员为制造商及合同制造商，名为香港医疗及保健器材制造商协会。
及后由于会员数目持续增长及会员业务性质覆盖至医疗器材行业的整个生产链，包括研发、制造商、分销商、测试与认证，以及各类相关服务公司，于2008年10月易名为香港医疗及保健器材行业协会。
自2025年3月起，协会更名为香港医疗科技协会。
近年来，医疗科技领域迅速发展，从传统器材设备扩展至人工智能、数字健康、远程医疗、机器人技术及数据驱动诊断等科研领域。「医疗科技」成为这一演变的统称，展现医学与科技的深度融合。
此次更名象征协会不断推动医疗技术创新、继续加强行业合作，与业界携手共创医疗科技新时代。
协会的新标志展示了医疗专业人士、研发专业人士、制造商、使用者、监管机构、学术界及行业持份者之间互相合作，共同构建协作共融的平台。
